Las actividades del Mozarteum Jujuy comprenden el Ciclo de Abono, el Ciclo de Cine y las Masterclasses.
La Filial comenzó como una asociación que ofrecía conciertos al público de Jujuy que gustaba de la música clásica. Así empezó con un Ciclo de Abono con cuatro funciones en el Teatro Mitre. De la primera Temporada en el año 1982 con cuatro conciertos, se pasó en los años subsiguientes a cinco, seis y aún nueve conciertos. Ese Ciclo se fue agrandando y se ha llegado a ampliar su propuesta musical. Además de los socios que adquieren sus abonos para todo el año, el público en general puede asistir a estas funciones.
Se alternan presentaciones de conciertos, ballet y ópera con la presencia de artistas argentinos o del exterior: pianistas, tríos (distintas formaciones),jazz, música de cámara y música orquestal. Además de ello, como se viene realizando desde hace unos pocos años, la Ópera está presente con orquesta, coro y cantantes invitados (La Flauta mágica de Mozart, Las bodas de Figaro, también de Mozart, Madame Butterfly de Puccini) Para el año 2014 se programa una Opereta.
Mozarteum Jujuy cuenta con el apoyo de los Auspiciantes, Socios Protectores, Socios Institucionales y sus socios y trabaja en estrecha relación con distintas instituciones públicas y privadas: colegios, escuelas, orquestas infanto-juveniles del medio, Escuela de Música y Universidad, museos, municipios, iglesias. Como ejemplo se puede citar el convenio de colaboración de amplio alcance firmado en el año 2008 con la Universidad Nacional de Jujuy. Los resultados concretos han sido la publicación de un libro, “Los caminos de la música” ( conformado por seis artículos escritos especialmente por musicólogos de trayectoria nacional e internacional donados por el Sr. Federico Spinola) y el trabajo continuo con la Escuela de Minas, dependiente de la Universidad.
Con este establecimiento secundario se viene desarrollando un trabajo de intercambio, habiéndose realizado capacitación en percusión para los alumnos del establecimiento, y la conformación de grupos de estudiantes becados por el Mozarteum que acceden a los conciertos de abono en el Teatro Mitre.
Es asimismo permanente el trabajo de difusión para estimular la asistencia de jóvenes a los conciertos del Ciclo de Abono en el Teatro Mitre.
Toda esta actividad fue canalizada a través del Área y de los Ciclos Música Joven. A partir de mayo del año 2013 ella continúa desde la misma Comisión Directiva dentro del programa de actividades del Grupo Música Joven.
Asimismo desde el año 2006, por iniciativa del Sr.Hernán Suárez vocal de la Comisión Directiva para los 25 años de la Filial, se empieza a ofrecer, gratuitamente, un Ciclo de Cine con films sobre compositores, óperas, música en general. Para ello e trabajó esta temporada en el Cine Teatro Select dependiente de la Municipalidad de San Salvador de Jujuy.